Đến thời điểm hiện tại, đã có 244 TTHC thuộc lĩnh vực Y tế. Hiện có 138 TTHC (trừ một số TTHC đặc thù) chiếm 100% thực hiện tại Sở Y tế và các đơn vị trực thuộc được niêm yết công khai thủ tục và kết quả tại Trung tâm Phục vụ Hành chính công tỉnh (TTPVHCC). Tất cả các TTHC Danh mục thủ tục hành chính được công bố công khai trên trang Cổng dịch vụ công Quốc gia về TTHC, và Cổng thông tin điện tử Sở Y tế Thanh Hóa.

Trong kỳ (5/12/2019-8/3/2020), Sở Y tế tiếp nhận 1.370 hồ sơ TTHC trong đó: số hồ sơ giải quyết trước hạn và đúng hạn: 957;  số hồ sơ đang trong hạn giải quyết: 222; số hồ sơ quá hạn: không có; số hồ sơ không đủ điều kiện giải quyết: 191 (Xem chi tiết tại đây).

Hiện tại, tất cả hồ sơ TTHC trên đều thực hiện theo cơ chế một cửa, và được tiếp nhận tại Trung tâm  Hành chính công tỉnh Thanh Hóa. Chưa có hồ sơ phát sinh thực hiện theo cơ chế một cửa liên thông.

Việc tiếp nhận và xử lý phản ánh, kiến nghị về TTHC, Sở Y tế không có tiếp nhận hay xử lý đơn thư phản ánh, kiến nghị nào về giải quyết các thủ tục hành chính tại đơn vị.